Rotaviry patří celosvětově mezi nejčastější původce akutní gastroenteritidy (RVGE) u dětí mladších 5 let. Téměř každé dítě mladší 5 let je infikováno, nejčastěji v kojeneckém věku. V Evropě umírá kvůli rotavirům ročně kolem 230 dětí mladších 5 let, 87 tisíc je hospitalizováno a 700 tisíc dětí tohoto věku je ročně ambulantně ošetřeno. Světová zdravotnická organizace zařadila prevenci rotavirových onemocnění mezi své priority v globálním očkovacím akčním plánu do roku 2020.
Podle korigovaných odhadů se v ČR (EPIDAT 2010-2012) incidence rotavirových (RV) infekcí pohybuje mezi 586 - 883/100 000 dětí (mladších 5 let). Rotaviry jsou v ČR nejčastějším původcem průjmových onemocnění u dětí do 2 let věku. Problémem monitoringu epidemiologických dat je především značná podhlášenost díky různým metodám dohledu či laboratorní diagnostice. Rutinní testování komunitních rotavirových infekcí není ambulantně prováděno, hlášené případy nákaz vycházejí zejména z laboratorních výsledků u hospitalizovaných dětí s gastroenteritidou. Reálně lze tedy předpokládat podstatně vyšší incidenci. Údaje o celostátních počtech nozokomiálních rotavirových infekcí chybějí.
V České republice je pro RVGE hospitalizováno ročně 3-5 tisíc dětí mladších 5 let, odhadem 26-42 tisíc vyhledá lékařskou pomoc a cca u 120-160 000 pacientů probíhá infekce mírně bez vyhledání lékařského ošetření. I přes dobrou organizaci systému hlášení infekčních onemocnění v ČR (EPIDAT) lze považovat tyto odhady incidence komunitní rotavirové infekce za nekompletní a podhodnocené.